par Frédéric BILAN et Thierry ROBACHE
Afin d’offrir des soins de qualité à leurs patients, les établissements de santé cherchent constamment à innover.
La mise en place de projets complexes nécessite la collaboration d’équipes pluridisciplinaires capables de saisir la totalité des enjeux. C’est ce à quoi le CHU de Poitiers a été confronté lors de la création de sa plateforme de séquençage.
Le séquençage de l’ADN « nouvelle génération » est un examen primordial permettant de détecter certaines pathologies telles que des déficiences intellectuelles, des cancers ou encore de réaliser des diagnostics prénataux. La technique utilisée pour séquencer le génome a beaucoup évolué depuis les années 1970, où les résultats étaient obtenus après autoradiographie d’un gel de polyacrylamide et stockés sous format papier. Désormais, tout est réalisé informatiquement, en laissant la possibilité d’étudier simultanément les analyses de plusieurs patients. Un premier fichier, lourd et inexploitable, est généré en fin d’examen, puis il est transformé par de puissants ordinateurs en un fichier complexe mais utilisable. Enfin, une dernière transformation isolera uniquement les variants nucléotidiques d’intérêt, permettant le rendu d’un verdict rapidement.
Les biologistes seuls n’ont pas les compétences pour s’occuper de toutes les problématiques liées à ce type de projet. Des ingénieurs en biologie interviennent alors pour gérer l’utilisation des séquenceurs, optimiser la qualité des examens ou pour la veille technologique. Des ingénieurs bio-informaticiens s’occupent eux de l’analyse des données sous Linux, du développement et de l’amélioration du rendu des analyses en vue de fournir un meilleur diagnostic, via une interface d’analyse conviviale. Ils font également le lien entre les biologistes et les informaticiens placés en soutien pour contrôler le gros volume de stockage et la grande capacité de calcul nécessaire pour fournir les résultats. De plus, il leur a fallu créer une plateforme informatiquement stable afin d’éviter la perte de données et de les sécuriser.
Ce projet a permis de rassembler autour d’une table des spécialistes de domaines très variés afin de bâtir une plateforme des plus performantes possible. Au vu du succès connu par le CHU de Poitiers, d’autres structures devraient à leur tour tenter l’expérience.